「一天結束了,當人們趕著回家的時候,我的一天才正要開始。菜單只有牆上寫的這些,(豚汁定食、燒酒、啤酒),但若你想點些什麼,我會做的我也會照辦,這便是我的經營方針。營業時間為晚上十二點至早上七點,人們稱這裡為深夜食堂,你問會不會有客人來喔? 其實還不少呢。」
如是,深夜食堂每一集便在飾演老闆(マスター)的小林薰的口白中,隨著閃閃發光的東京街景展開了。
在這個只能坐得下九人的食堂裡,發展出一個個時而感動時而惆悵的故事。來深夜食堂的人們形形色色,有著懸殊的背景,唯一共同的是他們皆被深夜食堂的料理所撫慰。